联盟组织结构由理事会、专家委员会和秘书处构成。

（一）理事会

理事会是联盟的最高决策和权力机构，由全体会员代表组成，领导联盟开展工作。理事会设理事长1名，根据需要可设副理事长若干名。常务理事会是理事会常设机构，由理事长和副理事长组成，对理事会负责。

（二）专家委员会

专家委员会是联盟工作的决策咨询和业务指导机构。专家委员会由联盟理事会聘任，其成员由科研机构、高等院校、企业、技术推广机构和依托单位知名专家组成。

（三）秘书处

秘书处为联盟常设执行机构，挂靠于中国林业科学研究院林业科技信息研究所，负责联盟日常工作，设秘书长1名，副秘书长若干名，实行秘书长负责制。

详见《林产品贸易与投资国家创新联盟章程》。