为保证TLAS体系的实施，印尼形成了以认证/认定机构为核心的TLAS组织结构，包括认可机构、独立监督方、认证/认定机构、木材生产加工企业和政府部门。

（1）认可机构

印尼国家认可机构负责合格评定机构的认可。2009年7月14日，印尼国家认可机构与林业部签署谅解备忘录，为TLAS提供认可服务。印尼国家认可机构是一家独立的认可机构，按照ISO/IEC17011开展认可工作。该机构已制定TLAS支持文件，对针对认证机构签发出口证书制定了要求和指南。

印尼国家认可机构还负责处理独立监督方针对认证/认定机构出现问题提起的投诉。

（2）认定/认证机构

在印尼TLAS体系中，合格评定机构起着关键作用，对供应链各环节的企业的木材生产、加工和贸易活动的合法性进行验证，包括验证供应链的完整性。印尼有两类合格评定机构：一是根据可持续性标准对森林经营单位进行审核的评定机构（LP），二是根据合法性标准对森林经营单位和林产品加工贸易企业进行合法性认定的认定机构（LV）。

为了保证合法性认定审核的质量，要求LP和LV制定必要的管理体系，以满足ISO/IEC 17021对能力性、一致性、公正性、透明性和评定程序要求。这些要求在TLAS指南中得到了明确。

认定机构在接受受审核方的申请，按照印尼合法性标准开展认定活动。审核结果报告送达受审核方和林业部。如审核受审核方符合相关标准，认证/认定机构将发放合法性证书，有效期3年。

LV也是出口许可证的签发机构，即LV向投入国际市场的木材产品发放出口证书。对非欧盟市场，签发V-Legal证书，对欧盟市场，签发FLGET证书。LP根据森林可持续经营标准对木材生产进行审核，但不发放出口证书。

（3）木材生产加工企业

在TLAS组织结构中，木材生产加企业是受审核方，即是需要通过合法性认定的运营商，包括各类森林经营单位和林产品加工贸易企业。森林经营单位与林产品加工贸易企业必须满足出口证书要求。允许受审核方针对审核活动和结果对LP或LV提请申诉。

（4）独立监督方

民间社团组织在TLAS独立监督方面起着关键作用。独立监督发现也可作为定期评估的一部分。

如果出现与评定相关的异动，社团组织应直接向LP或LV提起投诉。如果没有相关答复，可直接向印尼国家认可机构提起投诉。社团组织无论何时发现运营商在运营过程中有不当之处，可向相关LP或LV提起投诉。

（5）政府

林业部管理TLAS体系，授权经认可的LP开展森林可持续经营评估，授权LV开展合法性认定并签发V-Legal证书。

此外，林业部也管理证书信息单位，专门成立相关单位管理证书数据及信息交流，接受利益相关方的查询。